Pour ma part, je n'utilise que le téléchargement d'un ZIP pour Windows.
L'avantage est que tout s'installe dans un seul répertoire (comme pour Mac) et qu'en plus, je peux avoir plusieurs versions de l'IDE en même temps, ce qui n'est pas possible avec une vraie installation qui doit d'abord supprimer la version précédente. Ceci permet de tester la nouvelle version tout en ayant un secours avec l'ancienne. Quand on a vérifié que tout fonctionne, on peut supprimer le répertoire de l'ancienne version.
Programme et bibliothèques en sont pas perdues car elles sont installées dans Documents/Arduino et Documents/Arduino/libraries. Cependant, il est possible de perdre certaines choses dont l'installation ne suivrait pas le standard Arduino. Pour ma part, je n'ai jamais constaté.
Vous devriez essayer même en ayant déjà la bonne version installée ; si cela ne vous convient pas, il suffit de supprimer le répertoire donné par l'extraction du ZIP (il représente à peu près 600 Mo pour la 1.8.13).
J'ai décris la procédure dans l'article sur l'installation de l'IDE.