J'ai trouvé d'où venait le problème.
Mon objectif était de gérer les aller-retour avec des capteurs magnétiques. Pour cela, il me fallait placer un aimant sous la locomotive, or, cette locomotive a quelques particularités qui ont généré ces dysfonctionnements.
L'alimentation entre le plus et le moins est gérée par la structure même de la locomotive qui est complétement métallique. Sur la photo, on voit bien une ligne de séparation sur toute la longueur. En la démontant, pour tenter de la réparer après mes problèmes, j'ai constaté que ces deux moitiés alimentaient les deux pôles.
On voit également aux deux extrémités, deux points (marqués par les flèches) sont les deux LEDS de l'éclairage avant et arrière de cette locomotive. Ces LEDS sont également alimentées par les côtés métalliques et laissent dépasser très légèrement les deux fils de ces LEDS.
Pour mes essais, j'avais donc placé un petit aimant (sur la photo, celui-ci a été déplacé au centre et collé sur du double-face pour éviter les faux contacts) qui en fait adhérait aux fils des LEDS créant ainsi un faux contact, voire un court-circuit. Et c'est de là que venait tous mes problèmes.
Après avoir déplacé ces aimants et utilisé du double-face, tout redevenait comme avant. C'est pour cela que je ne comprenais pas pourquoi, j'avais déjà réussi à faire fonctionner cette locomotive, avant de placer mes aimants.
Ceci pourra peut-être être utile à quelqu'un.
Merci encore pour votre aide.